Criado em março de 1999, o Programa de Pesquisas em Caracterização, Conservação, Recuperação e Uso Sustentável da Biodiversidade do Estado de São Paulo, denominado BIOTA/FAPESP: O Instituto Virtual da Biodiversidade, é o resultado da articulação da comunidade científica do Estado de São Paulo em torno das premissas preconizadas pela Convenção sobre a Diversidade Biológica/CDB. Consequentemente utiliza o conceito de diversidade biológica e segue os três princípios fundamentais da CDB: conservação, uso sustentável e repartição justa e eqüitativa dos benefícios. Em 2009 a FAPESP renovou o apoio ao Programa, aprovando seu plano de metas e objetivos para 2020.